Phép phân loại hiện đại chia sự sống thành ba vực. Thời điểm khởi đầu của các vực đó chỉ có thể được suy đoán. Vực Bacteria có lẽ là sự chia tách đầu tiên khỏi những hình thức sự sống khác (thỉnh thoảng được gọi là Neomura), nhưng sự phỏng đoán này còn gây tranh cãi. Ngay sau đó, khoảng 2 tỉ năm trước[22] (khoảng lúc 2:00 giờ chiều theo chiếc đồng hồ của chúng ta), Neomura phân chia thành Archarea và Eukarya. Các tế bào Eukarya lớn và phức tạp hơn các tế bào prokaryotic (Bacteria và Archaea), và nguồn gốc sự phức tạp đó hiện đang dần được khám phá. Ở khoảng trong thời kỳ này một tế bào vi khuẩn có liên quan tới Rickettsia ngày nay[23] đã xâm nhập một tế bào prokaryotic lớn hơn. Có lẽ tế bào lớn đã không thành công khi tiêu hóa tế bào nhỏ (có lẽ vì quá trình phát triển khả năng tự vệ của con mồi). Có lẽ tế bào nhỏ tìm cách ký sinh trên tế bào lớn. Dù thế nào chăng nữa, tế bào nhỏ đã sống sót bên trong tế bào lớn. Sử dụng ôxy, nó đã có thể chuyển hóa các phế phẩm của tế bào lớn và thu được nhiều năng lượng. Một số năng lượng dư đó được chuyển trở lại cho vật chủ. Tế bào nhỏ tái tạo bên trong tế bào lớn, và nhanh chóng sau đó một mối quan hệ cộng sinh ổn định được thiết lập. Cùng với thời gian, tế bào chủ nhận được một số gene của tế bào nhỏ, và chúng trở nên phụ thuộc lẫn nhau: tế bào lớn không thể sống được nếu không có năng lượng do tế bào nhỏ tạo ra, và tế bào nhỏ cũng không thể tồn tại khi không có nguyên liệu thô do tế bào lớn cung cấp. Sự cộng sinh phát triển giữa tế bào lớn và cộng đồng tế bào nhỏ bên trong nó phát triển cao tới mức chúng được coi là đã trở thành một sinh vật duy nhất, các tế bào nhỏ được xếp loại là cơ quan tế bào được gọi là ty thể (mitochondria). Một sự kiện tương tự cũng diễn ra với sự quang hợp cyanobacteria[24] chui vào trong các tế bào dị dưỡng và trở thành các lục lạp.[25],[26] Có lẽ vì các thay đổi đó, một dòng tế bào có khả năng quang hợp đã tách ra khỏi các eukaryotes khác ở khoảng thời gian nào đó chừng 1 tỷ năm trước (khoảng 6:00 giờ chiều theo chiếc đồng hồ của chúng ta). Nếu con số chính xác, có lẽ đã có nhiều sự kiện tương tự diễn ra. Bên cạnh lý thuyết nội cộng sinh (endosymbiotic) có cơ sở khá vững chắc về nguồn gốc tế bào với ty thể và các lục lạp (chloroplast), cũng có lý thuyết cho rằng các tế bào đã hình thành peroxisomes, spirochete hình thành nên cilia và flagella, và có lẽ một virus DNA đã tạo nên nhân tế bào,[27],[28] dù không một lý thuyết nào trong số đó được chấp nhận rộng rãi.[29]